ساختار رهبری سازمان قضائی نیروهای مسلح در این ماده مشخص شده است. رئیس این سازمان دو نقش اصلی دارد: یکی مدیریت و نظارت بر تمام سازمانهای قضائی استانها و دیگری ریاست بر شعبه اول دادگاه تجدیدنظر نظامی استان تهران. برای کمک به او در انجام این وظایف، قانون اجازه داده است که یک قائممقام و چند معاون داشته باشد. بر اساس تبصره این ماده، اختیار ایجاد پستهای قضائی و اداری در سازمان قضائی و همچنین جابهجایی یا تغییر سمت قضات این سازمان به طور کامل در دست رئیس قوه قضائیه است. او این کارها را با در نظر گرفتن اصل ۱۶۴ قانون اساسی (که به استقلال قضات اشاره دارد) انجام میدهد. رئیس سازمان قضائی میتواند پیشنهادهای خود را در این زمینهها به رئیس قوه قضائیه ارائه کند.