افرادی که به اتهام جرائم نظامی تحت پیگرد یا محکومیت قرار گرفتهاند، جدا از سایر زندانیان و متهمان عادی در بازداشتگاهها و زندانهای ویژه نگهداری میشوند. این تفکیک به این دلیل است که ماهیت جرائم نظامی و شرایط نظامیان متفاوت از افراد عادی است. همچنین قانونگذار تأکید کرده که متهمان و محکومان نظامی هرگز نباید در یک مکان مشترک نگهداری شوند؛ یعنی بازداشتگاه متهمان نظامی با زندان محکومان نظامی متفاوت است. رعایت این تفکیک بر عهده سازمان زندانها و اقدامات تأمینی و تربیتی کشور است و نحوه اجرای آن در مقررات این سازمان تعیین شده است.