زمانی که به یک متهم چند اتهام مختلف نسبت داده شود و هر یک از این اتهامات بنا به ذات خود باید در دادگاه خاصی (مثلاً یکی در دادگاه کیفری یک و دیگری در دادگاه کیفری دو) رسیدگی شود، دادسرا نمیتواند همه را در یک کیفرخواست جمع کند. در این موارد باید بهازای هر دادگاه صالح، یک کیفرخواست جداگانه صادر و مستقیماً به همان دادگاه ارسال نماید. بنابراین ممکن است برای یک متهم چند پرونده جداگانه در چند دادگاه مختلف تشکیل شود. منظور از «صلاحیت ذاتی» همان تقسیم کار میان دادگاهها بر اساس نوع جرم یا شخص متهم است؛ مثلاً برخی جرایم فقط در دادگاه انقلاب و برخی دیگر فقط در دادگاه کیفری یک قابل رسیدگی هستند. این ماده میگوید که هر دادگاه فقط به همان اتهامی رسیدگی میکند که در صلاحیت ذاتی خودش است و بس. در عمل، اگر دادسرا اشتباهاً همه اتهامات را در یک کیفرخواست خطاب به یک دادگاه بفرستد، دادگاه باید کیفرخواست را از جهت صلاحیت بررسی کند و نسبت به اتهاماتی که در صلاحیت خودش نیست، قرار عدم صلاحیت صادر و پرونده را به دادگاه صالح ارسال نماید. در نتیجه، چه دادسرا رعایت کند و چه نکند، سرانجام اتهامات در بستر پروندههای جداگانه در دادگاههای صالح خود پیگیری خواهند شد.