گاهی بین دادستان و بازپرس درباره سه موضوع اختلاف پیش میآید: اینکه کدام مرجع قضایی صلاحیت رسیدگی به پرونده را دارد، اینکه عمل ارتکابی چه نوع جرمی محسوب میشود (مثلاً جنایی یا جنحه)، یا تطبیق عمل با مواد قانونی. طبق این ماده، اگر چنین اختلافی رخ دهد، حل آن بر عهده دادگاه کیفری دو است. منظور از «دادگاهی که دادسرا در معیت آن انجام وظیفه میکند» همان دادگاه کیفری دو حوزه قضایی مربوطه است. در عمل، وقتی بازپرس و دادستان به توافق نرسند، پرونده برای رفع اختلاف به این دادگاه فرستاده میشود. رأی دادگاه کیفری دو در این زمینه برای هر دو طرف لازمالاتباع است و بحث را فیصله میدهد. این حکم ضمانت اجرایی برای هماهنگی میان مقامات دادسرا و جلوگیری از توقف رسیدگی به دلیل اختلاف نظر است.